SD Ar Rafi' memfasilitasi seluruh siswa dengan pilihan ekstrakurikuler yang beragam, sehingga siswa dapat memilih sesuai dengan minat dan bakatnya, diharapkan semenjak dini setiap siswa dapat menyalurkan minat dan bakatnya dengan tepat dan berkesinambungan sebagai bekal hidup dimasa depan.
Berikut ini ragam ekstrakurikuler yang tersedia di SD Ar Rafi' :
1. Pramuka
2. Daarul Qur'an
3. Creatipena
4. English Club
5. Sains Club
6. Math Club
7. Robotik
8. Seni Tari
9. Futsal Pembinaan
10. Futsal Reguler
11. Pencak Silat
12. Karate
13. Biola
14. Piano
15. Vokal
16. Dokcil
17. Djimbe
18. Renang
19. Panahan
20. Edu Camp
21. Cooking Class
22. Basket
23. Badminton
24. Broadcasting
25. Bahasa Arab
26. Desain Grafis