Bahan pembelajaran tematis dibuat dan dikembangkan berdasarkan pola pengembangan kurikulum terpadu (integrative curriculum development) yang mengintegrasikan semua materi pelajaran ke dalam tema-tema dalam konteks kehidupan anak. Untuk kelas 1 dan kelas 2, Perguruan Ar Rafi’ mengembangkan sendiri bahan pembelajaran tematisnya. Tahun pertama dan kedua pembelajaran dilaksanakan secara individual-klasikal dengan difasilitasi dua orang guru di setiap kelasnya, dengan jumlah murid perkelas maksimal 28 (dua puluh delapan) orang sehingga rasio guru murid menjadi 1:14, dan 1:8 pada pembelajaran bahasa Arab dan bahasa Inggris. Pada tahun ke-1 dan ke-2 siswa akan dievalusi berdasarkan tingkat ketercapaian kompetensi dasar pada setiap tema yang diberikan di kelas secara berkesinambungan. Bagi siswa yang terlambat  mencapa indikator kompetensi dasar, akan mendapatkan perbaikan (remedial) pada hari Sabtu secara individual, sedangkan pengayaan (enrichment) bagi siswa yang belajar cepat, dilaksanakan secara individual pada setiap hari belajar (Senin sampai dengan Jum’at). Tahun ketiga pembelajaran difasilitasi oleh guru mata pelajaran atau guru bidang studi.Kurikulum mata pelajaran dan bidang studi dikembangkan dengan berorientasi pada kompetensi.

Penentuan pemilihan program pembelajaran peserta didik dilaksanakan di tahun ke-3, berdasarkan pertimbangan dari penilaian Wali kelas, Tim Bimbingan dan Konseling, Psikolog dan Kepala Sekolah selama dua tahun proses pembelajaran di SD Ar Rafi’, yaitu melalui observasi peserta didik. Adapun program studi yang dilaksanakan di SD Ar Rafi’ pada tahun pelajaran 2015-2016 adalah program bilingual (6 tahun) dan program akselerasi (5 tahun).