SD Ar Rafi’ memfasilitasi seluruh siswa dengan pilihan ekstrakulikuler yang beragam, sehingga siswa dapat memilih sesuai dengan minat dan bakatnya, diharapkan semenjak dini setiap siswa dapat menyalurkan minat dan bakatnya dengan tepat dan berkesinambungan sebagai bekal hidup dimasa depan. Ragam ekskul tersebut adalah :

1. Pramuka

2. Daarul Qur'an

3. Creatipena

4. English Club

5. Sains Club

6. Math Club

7. Robotik

8. Seni Tari

9. Futsal Pembinaan 

10. Futsal Reguler

11. Pencak Silat

12. Karate

13. Biola

14. Piano

15. Vokal

16. Dokcil

17. Djimbe

18. Renang

19. Panahan

20. Edu Camp

21. Cooking Class

22. Basket

23. Badminton

24. Broadcasting

25. Bahasa Arab

26. Desain Grafis