SD Ar Rafi' memfasilitasi seluruh siswa dengan pilihan ekstrakurikuler yang beragam, sehingga siswa dapat memilih sesuai dengan minat dan bakatnya, diharapkan semenjak dini setiap siswa dapat menyalurkan minat dan bakatnya dengan tepat dan berkesinambungan sebagai bekal hidup dimasa depan.

Berikut ini ragam ekstrakurikuler yang tersedia di SD Ar Rafi' :

1. Creatipena

2. Darul Qur’an

3. English Club

4. Math Club

5. Science Club

6. Pramuka

7. Karate

8. Pencak Silat

9. Vokal

10. Biola

11. Piano

12. Tari

13. Futsal

14. Dokcil

15. Robotik

16. Djembee

17. Renang

18. Panahan

19. Desain Grafis

20. Edu Camp

21. Bulu Tangkis

22. Basket

23. Cooking Class

24. Cinematography

25. Taekwondo

26. Bahasa Jepang

27. Komik